Pelaku usaha yang ingin mendapatkan fasilitas bebas bea masuk untuk impor bibit dan benih wajib mengikuti langkah-langkah untuk mengajukan permohonan memperoleh fasilitas pembebasan. Pertama, mengajukan permohonan secara elektronik melalui Portal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC) melalui SINSW. Selanjutnya, atas permohonan tersebut pelaku usaha harus memastikan bahwa memuat informasi yang meliputi nama dan alamat pelaku usaha, Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP), rincian jumlah, jenis, dan perkiraan harga bibit dan benih, pelabuhan pemasukan bibit dan benih, nomor dan tanggal invoice atau dokumen serupa. Kedua, melampirkan dokumen – dokumen pendukung berupa rekomendasi dari pejabat minimal setingkat pimpinan tinggi pratama di lingkungan kementerian dan Invoice atau dokumen serupa yang dikeluarkan oleh penjual/supplier.
Rekomendasi ini dapat diperoleh dari Kementerian Pertanian untuk bibit dan benih tanaman, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan untuk bibit dan benih tanaman kehutanan, atau Kementerian Kelautan dan Perikanan untuk bibit dan benih hewan perairan.Pelaku usaha yang telah memperoleh fasilitas pembebasan bea masuk wajib menyampaikan laporan pemanfaatan secara elektronik melalui portal DJBC secara berkala setiap 6 bulan, terhitung sejak tanggal pemberitahuan pabean sampai dengan pencapaian tujuan dikembangbiakkan. Jika laporan pemanfaatan tersebut tidak disampaikan sesuai jangka waktu yang ditentukan, maka akan dikenakan penundaan pelayanan pembebasan bea masuk berikutnya hingga laporan pemanfaatan tersebut telah disetujui.
Kemudian, jika bibit dan benih yang tidak dimanfaatkan sesuai dengan tujuan pemberian pembebasan bea masuk, maka pelaku usaha wajib membayar bea masuk yang terutang dan dikenakan sanksi administrasi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
